Od 1970 r. był żonaty z Danutą, miał syna Łukasza – absolwenta Akademii Sztuk Pięknych.Marek Grechuta wziął udział w programie Ktokolwiek widział, ktokolwiek wie, w którym poruszano sprawę zaginięcia jego syna w 1999 roku. Syn odnalazł się po 8 miesiącach 17 października 2006 r. został pochowany w Alei Zasłużonych Cmentarza Rakowickiego w Krakowie. Pogrzeb poprzedziła msza święta w Kościele Mariackim. Podczas Mszy artyści Piwnicy pod Baranami zaśpiewali Przychodzimy, odchodzimy i Dezyderata. Gdy trumna z ciałem Marka Grechuty opuszczała bazylikę rozległy się oklaski, którym towarzyszyła melodia piosenki artysty Ocalić od zapomnienia. Od bramy Cmentarza Rakowickiego trumnę Marka Grechuty nieśli jego przyjaciele z Piwnicy pod Baranami m.in.: Grzegorz Turnau, Jan Kanty Pawluśkiewicz, Zbigniew Preisner. Nad grobem Jan Kanty Pawluśkiewicz odczytał wiersz napisany przez Leszka Aleksandra Moczulskiego.